Sí puedes. Solo has de elegir durante la instalación el punto de
montaje para "\" y para el swap (si lo pones) en el disco esclavo
"hdb". Para esto tienes que escoger "particionado manual" (o
"personalizado", que ahora mismo no recuerdo como lo llama). Tambien
puedes montar de paso el "hda" (el disco con Vista) para que lo
reconozca.

Si no cambias nada, en principio Ubuntu instalará un nuevo sector de
arranque en el disco master para poder lanzar el gestor de arranque,
donde pondrá por defecto para que arranque Ubuntu (esto puedes
cambiarlo para que arranque Vista) pero respetando la instalación de
Windows.

Creo que incluso no tengas que hacer nada si tienes el disco esclavo
vacio o sin formatear. Juraría que el "particionado automático" que se
activa por defecto en la instalación de Ubuntu, ya intenta instalarse
en la partición que esté vacia si la hay.

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Saludos de Bron.
Desde la Villa del Adelantado.
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«No corras, que es peor.»
(La DGT)